O auxílio ao diagnóstico das doenças hepáticas autoimunes pode ser feito com a pesquisa de auto anticorpos que estão presentes na maioria dos casos de hepatite autoimune e de cirrose biliar primária, sendo os principais auto anticorpos associados: anticorpos anti núcleo, anti músculo liso, anti actina, anti LKM, anti mitocôndria, anti SLA e anti LP.